कंटेग और स्कैफोल्ड के बीच मुख्य अंतर यह है कि कंटीग में गैप नहीं होता है जबकि स्कैफोल्ड में कंटीग और गैप होते हैं।
एककोशिकीय जीवों के अनुक्रमण की तुलना में बहुकोशिकीय जीवों का जीनोम अनुक्रमण बहुत कठिन है। बहुकोशिकीय जीनोम के लिए संपूर्ण-जीनोम शॉटगन अनुक्रमण एक आसान और तेज़ जीनोम अनुक्रमण तकनीक है। यह एक ऐसी विधि है जो समानांतर में कई अतिव्यापी डीएनए अंशों को अनुक्रमित करती है। इस पद्धति में, छोटे टुकड़ों को बड़े टुकड़ों में इकट्ठा किया जाता है और फिर कंप्यूटर का उपयोग करके बड़े टुकड़ों में इकट्ठा किया जाता है। फिर अंडों को मचानों में और अंत में एक गुणसूत्र में इकट्ठा किया जाता है। इसलिए, कॉइग न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों का एक निरंतर खिंचाव है, जबकि स्कैफोल्ड जीनोम का एक हिस्सा है जिसमें अंजीर और अंतराल होते हैं।कंटीग और स्कैफोल्ड दोनों को जीनोमिक अनुक्रमों का पुनर्निर्माण किया जाता है।
Contig क्या है?
Contig एक जीनोमिक अनुक्रम है। यह ए, सी, जी और टी बेस से बने अनुक्रमों का एक निरंतर खिंचाव है। यह डीएनए के कई छोटे अतिव्यापी बिट्स को एक लंबे क्रम में एक साथ रखकर बनता है। सरल शब्दों में, contig अनुक्रम अंशों के एक समूह का एक संयोजन है। कॉन्टिग निर्माण में स्थानीय स्ट्रिंग मिलान और संरेखण विधियों के आधार पर अतिव्यापी अनुक्रम अंशों की पहचान शामिल है जो अनुक्रमों के अतिव्यापी सिरों की पहचान करते हैं।
कंटिग्स में गैप नहीं होता। यह एक मचान का एक हिस्सा है। मचान बनाते समय अंडों को एक साथ जंजीर से बांधा जाता है। इसके लिए जीनोम में अंजीर की सापेक्ष स्थिति और अभिविन्यास के बारे में अतिरिक्त जानकारी की आवश्यकता होती है। अंतराल एक मचान में अलग अंडे।मूल रूप से, कॉन्टेग असेंबली पूरे-जीनोम शॉटगन अनुक्रमण में एक महत्वपूर्ण कदम है। अंत में एक पूर्ण जीनोमिक अनुक्रम में कंटिग्स को इकट्ठा किया जाता है। कॉन्टिग असेंबली को आमतौर पर स्ट्रिंग मिलान और अनुक्रम संरेखण में एल्गोरिदम की समझ की आवश्यकता होती है।
एक पाड़ क्या है?
एक मचान अंत-अनुक्रमित पूरे-जीनोम शॉटगन क्लोन से एक पुनर्निर्मित जीनोमिक अनुक्रम है। संरचनात्मक रूप से, एक मचान में अंजीर और अंतराल होते हैं। इसलिए, स्कंधों को एक साथ जंजीर से बांधकर और उन्हें अंतराल से अलग करके मचान बनाए जाते हैं। मचान निर्माण को जीनोम में अंजीर की सापेक्ष स्थिति और अभिविन्यास के बारे में जानकारी की आवश्यकता होती है। संपूर्ण-जीनोम शॉटगन असेंबली का उद्देश्य प्रत्येक जीनोमिक अनुक्रम को एक पाड़ में प्रस्तुत करना है। लेकिन, यह बिलकुल संभव नहीं है। इसलिए, एक गुणसूत्र को कई मचानों द्वारा दर्शाया जा सकता है। कभी-कभी मचान ओवरलैप कर सकते हैं। इसके अलावा, विधानसभा के दौरान कुछ मचानों को फ़िल्टर किया जा सकता है।
चित्र 02: संपूर्ण-जीनोम शॉटगन असेंबली का अवलोकन
एक मचान गैप की लंबाई इसकी सही लंबाई नहीं दिखाती है। आम तौर पर, अंतराल को कुछ निश्चित लंबाई के लिए मनमाने ढंग से सेट किया जाता है। इसलिए, ये अंतराल और उनकी लंबाई में अनिश्चितता जीनोम में कार्यात्मक तत्वों के वास्तविक स्थानिक संबंधों और लापता जानकारी की वास्तविक सीमा को समझने में समस्याएं पैदा करती हैं। कभी-कभी अंतराल लापता जीनोमिक जानकारी का प्रतिनिधित्व करते हैं।
कंटिग और स्कैफोल्ड में क्या समानताएं हैं?
- कंटिग और स्कैफोल्ड जीनोमिक अनुक्रम हैं जो न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों से बने होते हैं।
- मचान अंजीर और अंतराल से बने होते हैं।
कंटिग और स्कैफोल्ड में क्या अंतर है?
एक कॉन्टिग एक सतत अनुक्रम है जिसे अनुक्रम टुकड़ों के एक सेट से इकट्ठा किया जाता है।इसके विपरीत, एक मचान जीनोमिक अनुक्रम का एक हिस्सा है जिसे एक साथ जंजीर से जोड़कर पुनर्निर्माण किया जाता है। तो, यह कॉन्टेग और मचान के बीच महत्वपूर्ण अंतर है। इसके अलावा, कंटिग्स में गैप नहीं होता है जबकि मचान में कंटिग्स को गैप से अलग किया जाता है।
नीचे दिए गए इन्फोग्राफिक में कॉन्टेग और स्कैफोल्ड के बीच अधिक अंतर हैं।
सारांश – कॉन्टिग बनाम स्कैफोल्ड
सम्पूर्ण जीनोम अनुक्रमण परियोजनाओं में कॉनिग और स्कैफोल्ड दोनों का पुनर्निर्माण न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों में किया जाता है। Contig जीनोमिक अनुक्रम का एक सतत खंड है जिसमें बिना अंतराल के A, C, G और T आधार होते हैं। मचान एक जीनोमिक अनुक्रम है जिसमें अंजीर और अंतराल होते हैं। इसलिए, सबसे छोटे असेंबली कंपोनेंट्स कंटिग्स होते हैं जबकि स्कैफोल्ड्स कंटिग्स के असेंबल होते हैं। अंत में, पूरे जीनोम अनुक्रमण में मचानों को गुणसूत्रों में इकट्ठा किया जाता है।इस प्रकार, यह कंटेग और मचान के बीच के अंतर को सारांशित करता है।
