FASTA और FASTQ के बीच मुख्य अंतर यह है कि FASTA एक टेक्स्ट-आधारित प्रारूप है जो केवल न्यूक्लियोटाइड या प्रोटीन अनुक्रमों को संग्रहीत करता है, जबकि FASTQ एक टेक्स्ट-आधारित प्रारूप है जो अनुक्रम और संबंधित अनुक्रम गुणवत्ता मान दोनों को संग्रहीत करता है।
जैव सूचना विज्ञान एक ऐसा क्षेत्र है जो जैविक डेटा का विश्लेषण और समझने के लिए विभिन्न सॉफ़्टवेयर का उपयोग करता है, खासकर जब डेटा का सेट जटिल और बड़ा होता है। यह क्षेत्र जैविक डेटा का विश्लेषण और व्याख्या करने के लिए जीव विज्ञान, रसायन विज्ञान, भौतिकी, कंप्यूटर विज्ञान, सूचना इंजीनियरिंग, गणित और सांख्यिकी को जोड़ती है। FASTA और FASTQ जैव सूचना विज्ञान के क्षेत्र में अनुक्रमों को संरेखित करने और उनका विश्लेषण करने के लिए दो अनुक्रम प्रतिनिधित्व प्रारूप हैं।वास्तव में, FASTQ एक अनुक्रम फ़ाइल स्वरूप है जो अनुक्रम गुणवत्ता को संग्रहीत करने की क्षमता के साथ FASTA प्रारूप का विस्तार करता है।
फास्टा क्या है?
FASTA डीएनए और प्रोटीन अनुक्रम के लिए एक संरेखण सॉफ्टवेयर है। FASTA सॉफ्टवेयर FASTA प्रारूप का उपयोग करता है। यह एक टेक्स्ट-आधारित प्रारूप है जो न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों या अमीनो एसिड (प्रोटीन) अनुक्रमों का प्रतिनिधित्व करता है। यहां, एकल अक्षर कोड इन दोनों अनुक्रमों का प्रतिनिधित्व करते हैं। FASTA जैव सूचना विज्ञान और जैव रसायन के क्षेत्र में एक महत्वपूर्ण उपकरण है। यह प्रारूप अनुक्रम नामों और टिप्पणियों को अनुक्रम से पहले रखने की अनुमति देता है।
चित्र 01: FASTA अनुक्रम
यह प्रारूप FASTA सॉफ़्टवेयर से उत्पन्न हुआ और 1985 में डेविड जे. लिपमैन और विलियम आर. पियर्सन द्वारा पेश किया गया था। FASTA टूल में समय के साथ कई संशोधन हुए, और नवीनतम संस्करण में प्रोटीन के लिए कार्यक्रम शामिल हैं: प्रोटीन, डीएनए:डीएनए, प्रोटीन:अनुवादित डीएनए (फ्रेमशिफ्ट के साथ) और आदेशित या अनियंत्रित पेप्टाइड खोजें।FASTA किसी दिए गए न्यूक्लियोटाइड या अमीनो एसिड अनुक्रम को पढ़ता है और समान डेटाबेस अनुक्रमों के मिलान खोजने के लिए स्थानीय अनुक्रम संरेखण का उपयोग करके संबंधित अनुक्रम डेटाबेस की तलाश करता है।
फास्टक्यू क्या है?
FASTQ जैव सूचना विज्ञान के क्षेत्र में उपयोग किया जाने वाला एक संरेखण सॉफ्टवेयर है, जो एक जैविक अनुक्रम (आमतौर पर न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम) और इसके संबंधित गुणवत्ता स्कोर दोनों को संग्रहीत करता है। FASTQ को मूल रूप से वेलकम ट्रस्ट सेंगर इंस्टीट्यूट द्वारा FASTA स्वरूपित अनुक्रम और संबंधित गुणवत्ता डेटा को बंडल करने के लिए विकसित किया गया था। जैव सूचना विज्ञान के क्षेत्र में विकास के साथ, FASTQ कई उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण उपकरणों के उत्पादन को संग्रहीत करने के लिए वास्तविक मानक बन गया।
FASTQ प्रारूप प्रति अनुक्रम चार अलग-अलग पंक्तियों का उपयोग करता है। लाइन 1 @ कैरेक्टर से शुरू होती है और उसके बाद एक सीक्वेंस आइडेंटिफायर (फास्टा टाइटल लाइन के समान) होता है। पंक्ति 2 में कच्चे अनुक्रम अक्षर होते हैं। पंक्ति 3 में, अनुक्रम एक '+' वर्ण से शुरू होता है और वैकल्पिक रूप से उसी अनुक्रम पहचानकर्ता द्वारा पीछा किया जाता है।पंक्ति 4 पंक्ति 2 में अनुक्रम के लिए गुणवत्ता मानों को एन्कोड करती है और अनुक्रम में अक्षरों के समान संख्या में प्रतीकों से युक्त होना चाहिए।
फास्टा और फास्टक्यू में क्या समानताएं हैं?
- FASTA और FASTQ संरेखण उपकरण हैं।
- वे दो अनुक्रम प्रतिनिधित्व प्रारूप हैं।
- दोनों जैव सूचना विज्ञान के क्षेत्र से संबंधित हैं।
- FAST और FASTQ दोनों भंडारण और अनुक्रमण उद्देश्यों के लिए महत्वपूर्ण उपकरण हैं।
- FASTQ अनुक्रम गुणवत्ता को संग्रहीत करने की क्षमता के साथ FASTA प्रारूप का एक विस्तार है।
फास्टा और फास्टक्यू में क्या अंतर है?
FASTA एक टेक्स्ट-आधारित प्रारूप है जो केवल न्यूक्लियोटाइड या प्रोटीन अनुक्रमों को संग्रहीत करता है, जबकि FASTQ एक पाठ-आधारित प्रारूप है जो अनुक्रम और संबंधित अनुक्रम गुणवत्ता मान दोनों को संग्रहीत करता है। इस प्रकार, यह FASTA और FASTQ के बीच महत्वपूर्ण अंतर है। इसके अलावा, FASTA मैप किए जाने के बाद अनुक्रम अंशों को संग्रहीत करता है, जबकि FASTQ मैपिंग से पहले अनुक्रम अंशों को संग्रहीत करता है।इसके अलावा, FASTA और FASTQ के बीच एक और अंतर यह है कि FASTA में एक विवरण पंक्ति होती है, और FASTAQ में चार पंक्तियाँ होती हैं।
नीचे दिया गया इन्फोग्राफिक एक साथ तुलना के लिए FASTA और FASTQ के बीच अंतर को सारणीबद्ध रूप में प्रस्तुत करता है।
सारांश – FASTA बनाम FASTQ
जैव सूचना विज्ञान FASTA और FASTQ, आदि जैसे अनुक्रमों के विभिन्न स्वरूपों का उपयोग करता है। FASTA मैप किए जाने के बाद अनुक्रम अंशों को संग्रहीत करता है जबकि FASTQ मैपिंग से पहले अनुक्रम अंशों को संग्रहीत करता है। FASTA डीएनए और प्रोटीन अनुक्रम के लिए एक संरेखण सॉफ्टवेयर है। इसमें प्रोटीन के लिए कार्यक्रम शामिल हैं: प्रोटीन, डीएनए: डीएनए, प्रोटीन: अनुवादित डीएनए (फ्रेमशिफ्ट के साथ), और आदेशित या अनियंत्रित पेप्टाइड खोज। FASTQ जैव सूचना विज्ञान के क्षेत्र में उपयोग किया जाने वाला एक संरेखण सॉफ्टवेयर है और एक जैविक अनुक्रम (आमतौर पर न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम) और इसके संबंधित गुणवत्ता स्कोर दोनों को संग्रहीत करता है। FASTA में एक विवरण पंक्ति होती है, और FASTQ में चार पंक्तियाँ होती हैं। तो, यह FASTA और FASTQ के बीच अंतर को सारांशित करता है।
