मुख्य अंतर - माइक्रोएरे बनाम आरएनए अनुक्रमण
ट्रांसक्रिप्टोम एक सेल में मौजूद आरएनए की पूरी सामग्री का प्रतिनिधित्व करता है जिसमें एमआरएनए, आरआरएनए, टीआरएनए, डिग्रेडेड आरएनए और, नॉनडिग्रेडेड आरएनए शामिल हैं। सेल अंतर्दृष्टि को समझने के लिए प्रोफाइलिंग ट्रांसक्रिप्टोम एक महत्वपूर्ण प्रक्रिया है। ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइलिंग के लिए कई उन्नत तरीके हैं। माइक्रोएरे और आरएनए अनुक्रमण दो प्रकार की प्रौद्योगिकियां हैं जिन्हें प्रतिलेख का विश्लेषण करने के लिए विकसित किया गया है। माइक्रोएरे और आरएनए अनुक्रमण के बीच महत्वपूर्ण अंतर यह है कि माइक्रोएरे लक्ष्य सीडीएनए अनुक्रमों के साथ पूर्वनिर्धारित लेबल जांच की संकरण क्षमता पर आधारित है, जबकि आरएनए अनुक्रमण एनजीएस जैसी उन्नत अनुक्रमण तकनीकों द्वारा सीडीएनए किस्में के प्रत्यक्ष अनुक्रमण पर आधारित है।अनुक्रमों के बारे में पूर्व ज्ञान के साथ माइक्रोएरे का प्रदर्शन किया जाता है और अनुक्रमों के बारे में पूर्व ज्ञान के बिना आरएनए अनुक्रमण किया जाता है।
माइक्रोएरे क्या है?
माइक्रोएरे वैज्ञानिकों द्वारा ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइलिंग के लिए उपयोग की जाने वाली एक मजबूत, विश्वसनीय और उच्च थ्रूपुट विधि है। यह प्रतिलेख विश्लेषण के लिए सबसे लोकप्रिय तरीका है। यह एक कम लागत वाली विधि है, जो संकरण जांच पर निर्भर करती है।
तकनीक नमूने से एमआरएनए के निष्कर्षण और कुल आरएनए से सीडीएनए पुस्तकालय के निर्माण के साथ शुरू होती है। फिर इसे एक ठोस सतह (स्पॉट मैट्रिक्स) पर फ्लोरोसेंटली लेबल वाले पूर्वनिर्धारित जांच के साथ मिलाया जाता है। पूरक अनुक्रम माइक्रोएरे में लेबल की गई जांच के साथ संकरण करते हैं। फिर माइक्रोएरे को धोया और जांचा जाता है, और छवि की मात्रा निर्धारित की जाती है। संबंधित अभिव्यक्ति प्रोफाइल प्राप्त करने के लिए एकत्रित डेटा का विश्लेषण किया जाना चाहिए।
माइक्रोएरे जांच की तीव्रता को नमूने में प्रतिलेखों की मात्रा के समानुपाती माना जाता है।हालांकि, तकनीक की सटीकता डिजाइन की गई जांच, अनुक्रम के पूर्व ज्ञान और संकरण के लिए जांच की आत्मीयता पर निर्भर करती है। इसलिए माइक्रोएरे तकनीक की सीमाएँ हैं। माइक्रोएरे तकनीक को कम बहुतायत प्रतिलेखों के साथ नहीं किया जा सकता है। यह आइसोफॉर्म में अंतर करने और आनुवंशिक वेरिएंट की पहचान करने में विफल रहता है। चूंकि यह विधि जांच के संकरण पर निर्भर करती है, इसलिए संकरण से संबंधित कुछ समस्याएं जैसे क्रॉस-हाइब्रिडाइजेशन, गैर-विशिष्ट संकरण आदि माइक्रोएरे तकनीक में होती हैं।
चित्र 01: माइक्रोएरे
आरएनए अनुक्रमण क्या है?
आरएनए शॉटगन अनुक्रमण (आरएनए seq) हाल ही में विकसित संपूर्ण प्रतिलेख अनुक्रमण तकनीक है। यह ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइलिंग का एक तेज़ और उच्च थ्रूपुट तरीका है। यह सीधे जीन की अभिव्यक्ति की मात्रा निर्धारित करता है और प्रतिलेख की गहन जांच में परिणाम देता है।RNA seq पूर्वनिर्धारित जांच या अनुक्रमों के पूर्व ज्ञान पर निर्भर नहीं करता है। इसलिए, RNA seq विधि में उपन्यास जीन और आनुवंशिक रूपांतरों का पता लगाने की उच्च संवेदनशीलता और क्षमता है।
आरएनए अनुक्रमण विधि कई चरणों के माध्यम से की जाती है। सेल के कुल आरएनए को अलग और खंडित किया जाना चाहिए। फिर, रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस का उपयोग करके, एक सीडीएनए पुस्तकालय तैयार किया जाना चाहिए। प्रत्येक सीडीएनए स्ट्रैंड को एडेप्टर के साथ जोड़ा जाना चाहिए। फिर बंधे हुए टुकड़ों को प्रवर्धित और शुद्ध किया जाना चाहिए। अंत में एनजीएस पद्धति का उपयोग करते हुए, सीडीएनए का अनुक्रमण किया जाना चाहिए।
चित्र 02: आरएनए अनुक्रमण
माइक्रोएरे और आरएनए अनुक्रमण में क्या अंतर है?
माइक्रोएरे बनाम आरएनए अनुक्रमण |
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| माइक्रोएरे एक मजबूत, विश्वसनीय, उच्च थ्रूपुट विधि है। | आरएनए अनुक्रमण एक सटीक और उच्च-थ्रूपुट विधि है। |
| लागत | |
| यह एक कम लागत वाला तरीका है। | यह एक महंगा तरीका है। |
| बड़ी संख्या में नमूनों का विश्लेषण | |
| यह एक साथ बड़ी संख्या में नमूनों का विश्लेषण करने की सुविधा प्रदान करता है। | यह बड़ी संख्या में नमूनों के विश्लेषण की सुविधा प्रदान करता है। |
| डेटा विश्लेषण | |
| डेटा विश्लेषण जटिल है। | इस विधि में अधिक डेटा उत्पन्न होता है; इसलिए, प्रक्रिया अधिक जटिल है। |
| अनुक्रमों का पूर्व ज्ञान | |
| यह विधि संकरण जांच पर आधारित है, इसलिए अनुक्रमों का पूर्व ज्ञान आवश्यक है। | यह विधि पूर्व अनुक्रम ज्ञान पर निर्भर नहीं करती है। |
| संरचनात्मक विविधताएं और उपन्यास जीन | |
| यह विधि संरचनात्मक विविधताओं और नवीन जीनों का पता नहीं लगा सकती है। | यह विधि संरचनात्मक विविधताओं का पता लगा सकती है जैसे जीन फ्यूज़िंग, वैकल्पिक स्प्लिसिंग, और नवीन जीन। |
| संवेदनशीलता | |
| यह आइसोफॉर्म की अभिव्यक्ति में अंतर का पता नहीं लगा सकता है, इसलिए इसकी सीमित संवेदनशीलता है। | इसमें उच्च संवेदनशीलता है। |
| परिणाम | |
| इसका परिणाम केवल सापेक्ष अभिव्यक्ति स्तर हो सकता है। यह जीन अभिव्यक्ति की पूर्ण मात्रा का ठहराव नहीं देता है। | यह पूर्ण और सापेक्ष अभिव्यक्ति स्तर देता है। |
| डेटा रीएनालिसिस | |
| फिर से विश्लेषण करने के लिए इसे फिर से चलाने की जरूरत है। | सीक्वेंसिंग डेटा का पुनर्विश्लेषण किया जा सकता है। |
| विशिष्ट कार्मिक और बुनियादी ढांचे की आवश्यकता | |
| माइक्रोएरे के लिए विशिष्ट बुनियादी ढांचे और कर्मियों की आवश्यकता नहीं है। | आरएनए अनुक्रमण के लिए आवश्यक विशिष्ट अवसंरचना और कार्मिक। |
| तकनीकी मुद्दे | |
| माइक्रोएरे तकनीक में तकनीकी मुद्दे हैं जैसे क्रॉस-हाइब्रिडाइजेशन, गैर-विशिष्ट संकरण, व्यक्तिगत जांच की सीमित पहचान दर, आदि। | RNA seq तकनीक तकनीकी मुद्दों जैसे क्रॉस-हाइब्रिडाइजेशन, गैर-विशिष्ट संकरण, व्यक्तिगत जांच की सीमित पहचान दर आदि से बचाती है। |
| पूर्वाग्रह | |
| यह एक पक्षपाती तरीका है क्योंकि यह संकरण पर निर्भर करता है। | माइक्रोएरे की तुलना में पूर्वाग्रह कम है। |
सारांश - माइक्रोएरे बनाम आरएनए अनुक्रमण
माइक्रोएरे और आरएनए अनुक्रमण विधियां ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइलिंग के लिए विकसित उच्च थ्रूपुट प्लेटफॉर्म हैं। दोनों विधियां ऐसे परिणाम उत्पन्न करती हैं जो जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल से अत्यधिक सहसंबद्ध हैं। हालांकि, जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण के लिए माइक्रोएरे पर आरएनए अनुक्रमण के फायदे हैं। माइक्रोएरे की तुलना में कम बहुतायत प्रतिलेखों का पता लगाने के लिए आरएनए अनुक्रमण एक अधिक संवेदनशील तरीका है। आरएनए अनुक्रमण भी आइसोफॉर्म और जीन वेरिएंट की पहचान के बीच अंतर को सक्षम बनाता है। हालांकि, माइक्रोएरे अधिकांश शोधकर्ताओं की आम पसंद है क्योंकि आरएनए अनुक्रमण डेटा भंडारण चुनौतियों और जटिल डेटा विश्लेषण के साथ एक नई और महंगी तकनीक है।
